Pembantaian Rawagede merupakan pelanggaran HAM yang terjadi penembakan dan pembunuhan penduduk kampung Rawagede (sekarang Desa Balongsari, Rawamerta, Karawang, Jawa Barat) oleh tentara Belanda tanggal 9 Desember 1945 bersamaan dengan Agresi Militer Belanda I. Akibatnya, puluhan warga sipil terbunuh oleh tentara Belanda yang kebanyakan dibunuh tanpa alasan yang jelas. Tanggal 14 September 2011, Pengadilan Den Haag menyatakan pemerintah Belanda bersalah dan harus bertanggung jawab dengan membayar ganti rugi kepada para keluarga korban pembantaian Rawagede.

Peristiwa G30S PKI merupakan peristiwa penculikan dan pembunuhan beberapa jenderal dan perwira TNI pada malam hari tanggal 30 September sampai 1 Oktober tahun 1965 oleh anggota PKI (Partai Komunis Indonesia). Terdapat jenderal yang berhasil meloloskan diri yaitu A. H. Nasution, tetapi naas, putrinya tewas tertembak di tangan PKI.

Bermula dari warga Tanjung Priok, Jakarta Utara berdemonstrasi yang rusuh antara warga dengan kepolisian dan anggota TNI yang mengakibatkan sejumlah warga tewas dan luka-luka. Peristiwa ini terjadi pada tanggal 12 September 1984. Sejumlah warga dan aparat militer diadili atas tuduhan pelanggaran hak asasi manusia. Peristiwa ini dilatarbelakangi pada masa Orde Baru.

Peristiwa Aceh terjadi sejak tahun 1990 yang memakan korban baik di pihak aparat maupun penduduk sipil yang tidak berdosa. Peristiwa Aceh tersebut diduga dari unsur politik di mana terdapat pihak-pihak tertentu yang berkeinginan Aceh untuk merdeka.

Kasus yang masuk dalam kasus pelanggaran HAM di Indonesia, yaitu pembantaian oleh militer atau anggota TNI dengan menembak warga sipil di Pemakaman Santa Cruz, Dilli, Timor Timur tanggal 12 November 1991. Kebanyakan warga sipil sedang menghadiri pemakaman rekannya di Pemakaman Santa Cruz ditembak anggota Militer Indonesia. Puluhan demonstran yang kebanyakan mahasiswa dan warga sipil mengalami luka-luka dan sampai meninggal. Peristiwa ini murni pembunuhan anggota TNI dan aksi menyatakan Timor Timur keluar dari Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) dan membentuk negara sendiri.

Marsinah adalah seorang aktivis buruh. Tanggal 9 Mei 1993, mayat Marsinah ditemukan di Dusun Jegong, Kecamatan Wilangan, Kabupaten Nganjuk, Jawa Timur. Diduga keras, ia tewas dibunuh akibat keterlibatannya dalam demonstrasi di PT. CPS tanggal 3 dan 4 Mei 1993. Dibentuk Tim Terpadu tanggal 30 September 1993 untuk melakukan penyelidikan dan penyidikan kasus pembunuhan Marsinah. Dalam pembunuhan Marsinah, tim tersebut menangkap, memeriksa, dan mengajukan 10 orang yang diduga terlibat. Persidangan berlangsung sejak persidangan tingkat pertama, banding, dan kasasi. Semua terdakwa ternyata dibebaskan dari segala dakwaan alias bebas murni dalam persidangan kasasi di Mahkamah Agung. Putusan tersebut menimbulkan ketidakpuasan meluas di kalangan masyarakat.

Peristiwa yang disebabkan dari pendukung Megawati Soekarno Putri yang menyerbu dan mengambil alih kantor DPP PDI di Jakarta Pusat tanggal 27 Juli 1996. Massa mulai melempari batu dan bentrok, ditambah lagi kepolisian dan anggota TNI datang bersama pansernya. Kerusuhan tersebut meluas sampai ke jalan-jalan, massa mulai merusak bangunan dan rambu-rambu lalu lintas. Dikabarkan bahwa lima orang meninggal dunia. Terdapat puluhan orang, baik sipil maupun aparat mengalami luka-luka dan beberapa ditahan. Berdasarkan Komnas HAM, peristiwa ini terbukti pelanggaran HAM.

Kasus penembakan mahasiswa Trisakti terjadi ketika para mahasiswa sedang berdemonstrasi bersama anggota polisi dan militer. Peristiwa Trisakti dilatarbelakangi dari demonstrasi mahasiswa Trisakti ketika Indonesia mengalami Krisis Finansial Asia tahun 1997 menuntut presiden Soeharto mundur dari jabatannya. Dikabarkan, peristiwa ini terdapat puluhan mahasiswa mengalami luka-luka, sebagian meninggal dunia karena ditembak peluru oleh anggota polisi dan militer.

Peristiwa beserta pembunuhan yang terjadi pada tahun 1998 di Banyuwangi yang saat itu tengah hangat-hangatnya praktek dukun santet di desa-desa mereka. Banyak warga sekitar yang melakukan kerusuhan berupa penangkapan dan pembunuhan terhadap orang yang dituduh sebagai dukun santet. Anggota TNI tidak tnggal diam dan menyelamatkan orang yang dituduh dukun santet yang selamat dari amukan warga.

Peristiwa bom bali terjadi karena aksi terorisme terbesar di Indonesia di tahun 2002. Bom diledakkan di kawasan Legian Kuta oleh sekelompok jaringan teroris. Peledakan bom tersebut memakan korban meninggal dunia sebanyak 202 orang baik turis asing hingga warga lokal yang berada di sekitar lokasi. Akibat dari peristiwa ini, memicu tindakan terorisme dan membuat panik seluruh warga Indonesia.

Munir (39 tahun), seorang aktivis HAM pendiri Kontras (Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan) dan Imparsial, meninggal di dalam pesawat Garuda dengan nomor GA-974 ketika sedang menuju Amsterdam untuk melanjutkan kuliah pascasarjana pada tanggal 7 September 2004. Pemerintah Belanda melakukan otopsi atas jenazah almarhum sesuai dengan hukum nasionalnya. Informasi dari media Belanda diperoleh pihak keluarga almarhum bahwa hasil otopsi Munir oleh Institut Forensik Belanda (NFI) membuktikan bahwa beliau meninggal akibat racun arsenik dalam jumlah dosis yang fatal.