Sistem pemerintahan yang dianut oleh negara Indonesia adalah sistem pemerintahan presidensial. Hal ini terlihat dari ketentuan-ketentuan yang terdapat di dalam UUD 1945, sebagai berikut.

Presiden merupakan kepala negara sekaligus kepala pemerintahan yang menjalankan kekuasaan eksekutif. 

Presiden mempunyai hak prerogratif dalam membentuk kabinet.

Para menteri bertanggung jawab kepada Presiden. Menteri-menteri di Indonesia dipilih oleh Presiden untuk membantunya dalam menjalankan roda pemerintahan, sehingga pertanggungjawaban tugas masing-masing menteri adalah kepada Presiden. 

Masa jabatan menteri di Indonesia sangat bergantung pada kepercayaan/penilaian Presiden, bukan berdasar mosi tidak percaya dari DPR. Dengan kata lain, Presiden sewaktu-waktu bisa melakukan pergantian menteri dengan orang baru atau juga melakukan rotasi jabatan menteri (reshuffle cabinet). 

Presiden sewaktu-waktu dapat diberhentikan oleh MPR atas usul DPR. Jadi, DPR tetap memiliki kekuasaan mengawasi Presiden meskipun secara tidak langsung.

Presiden dalam mengangkat pejabat negara perlu mendapat pertimbangan dan/atau persetujuan DPR. Contohnya, dalam pengangkatan duta besar, Gubernur Bank Indonesia, Panglima TNI, dan Kepala Kepolisian RI (Kapolri).

Presiden dalam mengeluarkan kebijakan tertentu perlu mendapat pertimbangan dan/atau persetujuan DPR. Contohnya, pembuatan perjanjian internasional, pemberian gelar, tanda jasa, tanda kehormatan, pemberian amnesti dan abolisi. 

Parlemen diberi kekuasaan yang lebih besar dalam hal membentuk undang-undang dan hak budget (anggaran).