Tidak semua upaya penegakan HAM di Indonesia berjalan baik dan mulus. Banyak sekali tantangan dan hambatan yang dihadapi negara Indonesia dalam upaya menegakkan HAM. Indonesia sendiri mengalami kesulitan yang berat karena harus berhadapan dengan beberapa faktor dan kondisi-kondisi yang bertolak belakang dengan prinsip-prinsip peraturan perundang-undangan yang ada. Dalam pelaksanaannya, upaya penegakan hak asasi manusia di Indonesia sering mengalami tantangan dan hambatan sebagai berikut.

Kondisi sosial-budaya yang berbeda sebagai konsekuensi logis dari bentuk negara kepulauan, yang juga memiliki banyak adat dan budaya.

Sebagai negara kepulauan yang besar tentu membutuhkan cara untuk menyampaikan informasi secara merata kepada masyarakat. Untuk itu, dibutuhkan komunikasi yang baik melalui cara personal maupun teknologi. Komunikasi dan informasi inilah yang kemudian menjadi hambatan dalam pemajuan dan penegakan HAM.

Untuk mengatasi permasalahan di negeri ini, pemerintah tidak jarang mengambil kebijakan yang dapat menimbulkan pro dan kontra di masyarakat. 

Dibuatnya peraturan perundangan bertujuan untuk mengatur hak-hak manusia agar tidak saling bersinggungan. Namun, dengan adanya sejumlah peraturan perundangan yang diambil dari konvensi internasional, tidak seluruh klausul dalam konvensi tersebut sesuai dengan kondisi Indonesia. Hal ini mengakibatkan pelanggaran HAM masih sering terjadi.

Tidak hanya pemerintah dan peraturan perundangan yang mengatur persoalan HAM, aparat dan penindaknya sebagai eksekutor memiliki faktor penting dalam penegakan HAM. Penindakan yang lemah mengakibatkan banyak terjadi penyimpangan seperti korupsi, kolusi, dan nepotisme yang melanggar hak orang lain. 

Rendahnya pemahaman warga negara tentang arti penting HAM. Akibatnya, masih sering dijumpai pelanggaran-pelanggaran yang dilakukan warga negara, seperti pencurian, penodongan, penganiayaan ringan dan sebagainya.

Rendahnya kualitas mental aparat penegak hukum di Indonesia sehingga korupsi dan kolusi masih dilakukan oleh oknum aparat penegak hukum. 

Lemahnya instrumen penegakan hukum dan HAM di Indonesia.

Instrumen HAM (peraturan-peraturan yang berhubungan dengan HAM).

Aparatur pemerintah, seperti kejaksaan, kepolisian, kehakiman, dan sebagainya.

Proses peradilan hak asasi manusia, seperti tata cara penangkapan, perlindungan saksi, dan sebagainya.