Dalam Undang-Undang No. 39 Tahun 1999 tentang Hak Asasi Manusia juga dinyatakan adanya ketentuan mengenai partisipasi masyarakat terhadap penegakan dan perlindungan HAM. Ketentuan mengenai partisipasi yang dimaksud adalah sebagai berikut.

Setiap orang, kelompok, organisasi politik, organisasi masyarakat, lembaga swadaya masyarakat, atau lembaga kemasyarakatan lainnya, berhak berpartisipasi dalam perlindungan, penegakan, dan pemajuan hak asasi manusia. 

Setiap orang, kelompok, organisasi politik, organisasi masyarakat, lembaga swadaya masyarakat, atau lembaga kemasyarakatan lainnya, berhak menyampaikan laporan atas terjadinya pelanggaran hak asasi manusia kepada Komnas HAM atau lembaga lain yang berwenang dalam rangka perlindungan, penegakan, dan pemajuan hak asasi manusia.

Setiap orang, kelompok, organisasi politik, organisasi masyarakat, lembaga swadaya masyarakat, atau lembaga kemasyarakatan lainnya, berhak mengajukan usulan mengenai perumusan dan kebijakan yang berkaitan dengan hak asasi manusia kepada Komnas HAM atau lembaga lainnya. 

Setiap orang, kelompok, organisasi politik, organisasi masyarakat, lembaga swadaya masyarakat, perguruan tinggi, lembaga studi atau lembaga kemasyarakatan lainnya, baik secara sendiri-sendiri maupun bekerja sama dengan Komnas HAM dapat melakukan penelitian, pendidikan, dan penyebarluasan informasi mengenai hak asasi manusia.

Penyampaian laporan atas terjadinya pelanggaran hak asasi manusia.

Pengajuan usulan mengenai perumusan dan kebijakan yang berkaitan dengan hak asasi manusia.

Pelaksanaan penelitian, pendidikan, dan penyebarluasan informasi mengenai hak asasi manusia.

Unsur masyarakat dapat juga dilibatkan oleh jaksa agung menjadi penyidik ad hoc ataupun penuntut umum ad hoc.